木叶，三代火影猿飞日斩给木叶丸、萌黄、乌冬、花火、兰丸、幽鬼丸、宇智青木、琥珀樱田等一些下忍，讲起了自来也的故事。“被称为传说中三忍之一的自来也，他最初之时和鸣人一样，只是一位为成为优秀忍者，而进行修行的少年。”猿飞用流畅的文字语言，把自来也的故事描绘得生动有趣，下忍和孩子们完全被吸引住了。
——————时间回溯到二代火影时代——————
才刚成为下忍的少年自来也、大蛇丸、纲手一起组成三人小组，并由猿飞日斩负责带队。三根圆木集合的演习场地，猿飞日斩狠狠给了自来也一拳，“真是的！”自来也大叫好痛。猿飞道，“就算你佯作不知，我也早就看穿了！”自来也切了一声，大蛇丸在旁边微笑。亭亭玉立的少女纲手走了过来，“猿飞老师！”
这个时代，无论是自来也、纲手，还是大蛇丸，都充满了感性，还完全没有日后色、赌、毒的恶习。纲手的身材也没有日后那么傲人，反而是平平无奇。
自来也对纲手一见钟情，立即露出了色狼嘴脸。猿飞道，“这位是要和你们组队的纲手。你应该知道吧，大蛇丸？”大蛇丸微微一笑，猿飞正要安排接下来的活动，自来也自顾自地走到纲手身边，“初次见面，我叫自来也，请多多关照。情书的话待会再送我就行。”
纲手对自来也的印象很不好，“为什么我非要送你那种东西呢？开什么玩笑！”自来也没想到纲手会直接发飙，纲手的一记重拳出击，自来也飞到了空中，发出了惨嚎。这就是自来也和纲手的初次见面，当然，日后也成为了二人之间的经典画面。
然后，猿飞日斩取出了两个铃铛，宣布进行生存演习，那意味着三人中至少会有一个不合格，与卡卡西给鸣人他们的测试是一样的。几个人对话中，猿飞对大蛇丸的悟性非常满意。自来也却说起别的事情，“纲手，我抢到铃铛的话，就和我约会吧！”纲手道，“你要是输了的话，就不要再来纠缠我。”自来也大喜，“好，就这么说定了！”
演习开始，猿飞独自坐在圆木下吃便当，一个铃铛就在旁边的地上。自来也观察了一番，“到处都是破绽呢，趁现在……”自来也冲出去拿铃铛，直接中了陷阱，被吊到树上。这个情景似乎跟鸣人那时是一模一样。
演习的结果，却不大相同，大蛇丸与纲手都拿到了铃铛，只有自来也独自被绑在圆木桩上。纲手晃动手里的铃铛，喜笑颜开，“自来也，我赢了和你的打赌呢！果然，你还是最后一名。”自来也恼羞成怒，“烦人，你这胸部飞机场，洗衣板纲手！”
这下子惹毛了纲手，“混蛋，你说什么，你这个大*****猿飞只好劝解二人，“好了好了，够了。纲手和大蛇丸先回去吧！”纲手笑着摆手离开，大蛇丸用充满笑意的眼光，鄙视了自来也一番后，也离开了。
在自来也小的时候，他们的老师第三代火影曾经用抢铃铛的方式考验过他所在的小组。三代火影曾说过，铃铛只有两个，只有一个人会出局。心思单纯、冲劲十足的自来也毫无悬念的被淘汰了。
猿飞开始教训自来也，“真是的，身为忍者，竟然数次钻入那种显而易见的陷阱中，真是成何体统！”自来也道，“因为……”猿飞道，“你缺少目的吧！就是啊！对了，还有这个方法。”自来也问道，“什么？”猿飞让他好好看着。
猿飞演示了通灵术，把猿魔给召唤来了。自来也大叫，“好厉害！”猿飞开始解释，“这是通灵术，通过和各种生物签订血之契约，就能在需要时将其自由召唤而来，可以说是一种时空忍术。”自来也激动，“我也想和这个大猴签订契约。”猿飞却说不行，“如同人的命运各不相同，能够签订契约的生物也是命中注定，各不相同的。”自来也道，“那我要和谁签订契约呢？”猿飞道，“在签订契约之前，你必须积攒更多的查克拉，并且学习结印的方法。”
自来也抱怨，“又要去修行啊！”猿飞道，“答案就在修行中。”有了自己目的的自来也，从这天开始就认真修行起来，发誓要学会时空忍术。爬树、积攒查克拉、练习结印、抱着巨石上山……自来也进行了艰苦的修行，但时间一长，自来也有些烦躁了，“可恶，到什么时候才能签订契约啊？我为什么要经历如此艰苦的修行啊！”
纲手为了打击自来也，这样讲，“要选男朋友的话，比起大****大蛇丸果然更合适。”自来也想起这件事，打起精神，“答案非常简单，我要成为最厉害的忍者，让纲手回心转意。既然目标明确，就没有时间在这里耽误了。”
晚上，自来也与大蛇丸偷偷摸摸地出动了，潜入了某个澡堂附近。在避开看守婆婆后，两人成功地进入了女澡堂旁边。自来也偷窥，“景色真美啊！好多大胸！爽！”大蛇丸没好气，“特意把我叫来，还以为有什么事呢！我回去了。”自来也道，“小点声！你也来看吧。还有好多漂亮臀部……”大蛇丸转身离去了，自来也都没有察觉。然后，自来也被看守婆婆发现了，“你这个小色狼！”滚烫的开水倒在自来也头上，悲剧中。
自来也从小就十分好色，经常拉着大蛇丸去女澡堂偷窥，对女色毫无兴趣的大蛇丸总是默默离开。
这天晚上，自来也又把大蛇丸叫出来，“行动计划是这样。你易容缠住纲手，然后我在关键时刻闪亮登场，把你赶跑。这样纲手就会觉得自来也好棒。”大蛇丸无语，“这样做什么有什么意义呢？无法理解！”自来也凑近，“对我有意义，意义很大哦！”大蛇丸冷冷道，“你离我太近了！”但他还是戴上了准备好的面具。
赌博失败的纲手走在路上，“真见鬼！说起来要是那时候不跟了……祖父说的对，赌博没那么简单。当时那样做是对的……”路边的小猫跑走了。纲手还在纠结，“那时候的翻转……就这样控制骰子的转动……在最紧要的关头……手就……”前面出现一个蒙面人，纲手喝问何人，“我现在火大的很！敢跟我乱来，就宰了你！”愤怒的纲手发出了天守脚，大地崩裂，大蛇丸悲剧中。
自来也匆忙现身，“纲手，我来了！等我……”看到眼前的景象，自来也头上都是冷汗。纲手冷冷道，“你怎么会在这里？”自来也支吾，“其实吧，那个我……今夜的你……实在是无比性感！”大蛇丸说了声告辞，趁机离开了。自来也哈哈大笑，掩饰尴尬。纲手认出了大蛇丸，“你们在干什么？”自来也不知道该说什么。
自来也暗恋纲手，还逼着大蛇丸陪他演“英雄救美”的戏码，然而纲手的拳头打破了他的计划。
过了几日，猿飞来查看自来也的修行，看到自来也坐在圆木下凝聚查克拉，大为欣慰，“他终于意识到作为忍者的目的了。”自来也站起来，说出了豪言壮语，“不仅仅是纲手，那些漂亮小姐，我也要一个人独占！”自来也按照猿飞交给的方法结印，猿飞大惊失色，“等等，还没有签订通灵契约就使用时空忍术的话，可不知道会发生什么事情啊！”
但是自来也已经发动了通灵术，烟雾散去后，自来也消失了。猿飞叫苦，不知道自来也被传送到了哪个时空。担心自来也的安危，猿飞急忙去找二代火影千手扉间想办法。当时在木叶，二代火影的时空忍术最为著名。
自来也穿越时空，到了妙木山，那里蛙声阵阵，连天空的云彩都是粉色的。巨大的瀑布油，雕塑般的石蛙，迥异的植物，让自来也惊奇万分。一心为了追求纲手的自来也默默的修行，直到有一天，他莫名其妙的闯入了妙木山。
转过身，自来也看到一个大型的红色蛤蟆，与一个蓝色的大蛇正在对峙。自来也跑到蛤蟆和蛇之间，“喂，给我等等，这场架，我自来也大人也来参加了！”蓝色大蛇攻击自来也，自来也躲过袭击，抓住大蛇的尾巴，奋力把大蛇扔到了天上，消失无踪。战胜大蛇，自来也很得意，“就是这样，哈！”
那个大蛤蟆就是蛤蟆文太，“哎，是人类的孩子啊！”自来也目瞪口呆，“蛤蟆说话了！”文太道，“我还要问你呢，明明是个人类，还真的来了这座妙木山啊！”自来也莫名其妙。
————————蛤蟆文太简介——————
蛤蟆文太，居住在妙木山蛤蟆隐之里的红色大蛤蟆，身材巨大，是自来也、第四代火影、漩涡鸣人的通灵兽，被鸣人称为“蛤蟆老大”。他也是蛤蟆吉、蛤蟆龙的父亲，二大仙人的儿子。平时叼着烟斗，查克拉属性是水，能够喷油助火，用一把长长的蛤蟆短刀作为兵刃，会用变身术。
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蛤蟆文太带着自来也，来到瀑布那里，大声喊话，“深作大人！是人类的孩子……”自来也看到上面坐着一位年老的绿色蛤蟆，它就是深作。
——————深作简介—————
深作，年龄：800余岁；妙木山长老级的蛤蟆仙人，绿色老蛤蟆。实力强劲，可以配合使用强大的仙术和蛙跳体术。他的妻子是志麻。查克拉属性是风和水，并且擅长幻术和结界之术。
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深作道，“啊，出现了啊！”自来也惊奇，“你好像知道我会出现……”深作道，“啊，我是知道，老太爷大人已经做出预言了。”大蛤蟆仙人是这样说的，“一个人类的孩子将迷失于妙木山中，给予这孩子蛤蟆的力量，并给予他预言。这是我自己做的梦，也就是预言。”
——————大蛤蟆仙人简介————
大蛤蟆仙人，是仙级的蛤蟆。有极其精确的预言能力。戴着“油”字项链和博士帽，坐在顶座之上的是年过数千的老蛤蟆。常常浮现出平和的微笑，有健忘的老毛病……但是它体内所蕴含的巨大查克拉，可以发挥出预见未来的能力。
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自来也道，“那个孩子就是我的话，给予我的预言又是什么？”深作道，“这个嘛，我也不知道。”深作让自来也在妙木山一边修行，一边继续等待大蛤蟆仙人的预言。自来也不甘心，“等等，我好不容易才变强，要开始受女生们的欢迎呢！受青蛙欢迎，又有什么用呢？”深作道，“多说无益，这就是你的命运！”自来也叫道，“啊，命运？”深作道，“能够到达妙木山，也就是说，你是被选为命运之子的证明。”自来也思索，“被选中的人类吗？在这里修行，变得更强，好像值得一试。”
那之后，自来也就往来于蛤蟆妙木山和木叶村之间，进行着仙人和忍术的修行，度过了少年时代。在开始的时候，自来也依然是三忍之中最差的那个，爬树、踩水、登山……每次出事故的都是自来也。随着时间的推移，自来也逐渐变强了起来。
在蛤蟆文太的带领下，自来也第一次见到了深作大人，并按照深作大人的指示在妙木山展开了修行，就这样自来也度过了自己的少年时代。
经过不懈地努力，自来也终于变强了，他完成了仙术的修行，让纲手和大蛇丸刮目相看。自来也跟妙木山的蛤蟆一族也签订了通灵契约。但是事情并没有自来也想的那么简单。虽然自来也变强了，但纲手对自来也的态度依然没变，经常是一拳把他打飞到天上。
某次任务，弯月当空，大树之下3人在那里篝火休息。自来也道，“太阳一落山，还是挺冷的。今晚他们不会再来袭了吧！”闲着没事，自来也提议聊聊各自的梦想，“如果有梦想的话……”纲手没好气，“还以为你满脑子都是女人！”大蛇丸认为自来也的提议很有趣。纲手的梦想，“我想看遍这个世界的每个角落。”自来也称赞，“世界啊，好宏大的梦想！”纲手却说，“赢遍全世界的赌场！你的梦想是什么？”
自来也道，“我的梦想啊，全程保护环游世界的纲手吧！”纲手直接拒绝了，自来也泪奔中。自来也道，“大蛇丸，你也偶尔说说自己的事情吧！”大蛇丸却说没什么梦想，自来也撇嘴，“你真是个无聊的男人！”纲手道，“要你管，人各有志。况且人家未必想说。”大蛇丸道，“我想把忍术提升到极致，变得比任何人更强！”自来也道，“为了什么？”大蛇丸道，“没想过。”自来也道，“原来如此！不愧是你。”大蛇丸道，“说的你好像很了解我。”
自来也道，“对啊，记录旅途见闻也不错！和纲手一起环游世界吧！”纲手没好气，“你自个去吧！”自来也叹气，“这多寂寞啊！”三人都察觉有敌人接近，马上熄灭篝火准备迎战。三个雾忍突然杀至，射出苦无和手里剑，大蛇丸被射出刺猬倒地，然后变成了木桩，是替身术。纲手突击，一拳就干掉了错愕的光头雾忍。自来也喷出了火遁忍术，消减另外两个雾忍。
战斗开始了，雾隐援军杀来了。自来也叹气，“没完没了！”纲手道，“全部揍飞！”兵刃的碰撞声，喊杀声不绝于耳。
青年时代到来了，自来也开始怀疑自己的目的，为了受女生欢迎才变强，怎么看也太不靠谱了。有一天在妙木山修炼仙术，蛤蟆文太来喊自来也，“老太爷叫你呢！”自来也吃惊，“大蛤蟆仙人吗？”文太催促他快去，“你的预言出现了。”自来也大喜，“是真的吗，文太？”
自来也兴冲冲地跑去见了大蛤蟆仙人，大蛤蟆仙人道，“终于来了，来了……啊，你是哪位？”深作擦汗，“老太爷，是自来也，自来也啊！”大蛤蟆仙人道，“啊哈，对了，对了，你长大了啊！”深作的妻子志麻是个蓝色的蛤蟆，“真是的，明明是你自己叫他来的。你这个呆老头！”深作大惊，“孩子他妈，你怎么能称老太爷是呆老头呢！”
——————志麻简介—————
志麻，妙木山长老级的蛤蟆仙人，蓝色头发的老蛤蟆，深作的妻子。年龄有800余岁。喜欢唠叨。奇特有超高的感应探测力和能喷射腐蚀性毒汁的蛇状舌头，会做多种多样五颜六色的虫料理。查克拉属性是火和风。精通仙术、幻术。
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大蛤蟆仙人道，“哎呀，不要吵架，夫妻要和睦相处。对了，那边那个，是哪位啊？”自来也当机，深作对大蛤蟆仙人的记性也是无可奈何，“小自来也，老太爷梦见了你。正如你所知，这就是预言，用心听好了！”自来也道，“遵命！”
大蛤蟆仙人道，“在我的梦中，你除了好-色，一无是处。有一天也成为了独当一面的忍者，然后有了自己的徒弟。”听到仙人说自己除了好-色一无是处，自来也有撞墙的感觉，“这种事情你记得最清楚，真是的！”仙人道，“你的弟子将会成为掀起未来忍界巨大变革的忍者，我的梦中就是这样显示的。”
自来也问道，“变革？”大蛤蟆仙人道，“是为世界带来从未有过的安定还是毁灭，是这两者之一的变革。”自来也追问，“两者之一，怎么回事？”仙人道，“你将是引导这个变革者的人。总有一天，你将迎来面对重大抉择之日。”自来也道，“选择吗？”大蛤蟆仙人道，“根据选择的不同，世界的变革将会导向两者之一，这是命中注定的。”自来也道，“那我该怎么做才好呢？要做出正确的选择……”
仙人道，“在梦中，你环游世界，叙写小说。”自来也道，“小说？为什么会……”仙人道，“我也不知道原因。应该是环游世界，见识到了森罗万象吧！”自来也问道，“大仙人的预言，至今有没有出错过？”大蛤蟆仙人道，“没有。”